Bei Verhinderung des Praxisinhabers (z.B. Urlaub, Krankenstand etc.) werden regelmäßig andere Ärzte als Praxisvertreter beschäftigt. Dabei kommt es üblicherweise zu keinem steuerlichen bzw. sozialversicherungsrechtlichen Dienstverhältnis, sondern es liegt ein Auftragsverhältnis vor. Der Praxisvertreter erzielt daher Einkünfte aus selbständiger Tätigkeit und hat eine Honorarnote (notwendiger Inhalt: Name und Anschrift des Praxisvertreters und des Praxisinhabers, Zeitraum der Vertretungstätigkeit, Entgelt für die Vertretung) zu legen. Umsatzsteuer ist nicht in Rechnung zu stellen, da es sich um (unecht) steuerbefreite Umsätze aus ärztlicher Tätigkeit handelt. Im Zusammenhang mit der Vertretungstätigkeit erwachsende Kosten (z.B. Fahrtspesen) sind abzugsfähig.

Der Praxisinhaber kann die Kosten für die Praxisvertretung als Betriebsausgaben absetzen. Die Kosten für eine im eigenen Haus eingerichtete Vertreterwohnung werden nach der Judikatur des VwGH (22.10.1997, 93/13/0267) allerdings steuerlich nicht anerkannt, da üblicherweise Ärzte aus Nachbargemeinden die Vertretung übernehmen und daher die Vermutung besteht, dass die Vertreterwohnung überwiegend privaten Zwecken dient.

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